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En la época de La Colonia, en este sitio quedaba el Huerto del Palacio Virreinal y al lado oriental el jardín, destruidos por el sismo de 1785 y un incendio que al año siguiente quemó buena parte del Palacio obligando el traslado de los Virreyes a la casa de los Sanz de Santamaría situada en el extremo norte del actual Palacio LIÉVANO.
La construcción del patio NÚÑEZ y la fachada sur, fue realizada a partir de 1911, por el arquitecto MARIANO SANZ DE SANTA MARíA, bogotano, educado en Europa, quien ingresó al Ministerio de Obras Públicas en el cargo de Arquitecto Director de la Obra del Capitolio, reemplazando a CANTINI. Estos trabajos agregaron la construcción de cuatro grandes columnas que forman el pórtico.
Desde este patio, podemos observar diagonalmente el denominado edificio NUEVO DEL CONGRESO, que se construyó bajo la presidencia de JULIO CESAR TURBAY AYALA y en el se sitúan las oficinas individuales de los Congresistas, además están allf los recintos destinados a cada una de las siete Comisiones Constitucionales y de las Comisiones Legales de las Cámaras.
Origina el nombre de este patio, el monumento a la memoria de RAFAEL NÚÑEZ, realizado por el artista FRANCISCO ANTONIO CANO e inaugurado bajo la presidencia de MARCO FIDEL SUÁREZ.
NUÑEZ, estadista y escritor, nacido en Cartagena el 28 de septiembre de 1825. fue candidatizado a la Presidencia en 1875 por un grupo de liberales INDEPENDIENTES, adquiriendo amplio respaldo en el Cauca y los tres estados de la Costa Atlántica. Sin embargo, el entonces presidente de LOS ESTADOS UNIDOS DE COLOMBIA SANTIAGO PEREZ deseaba que su sucesor fuera AQUILEO PARRA y con los llamados LIBERALES RADICALES, echaron mano de toda clase de recursos para impedir que NUÑEZ llegara a la Presidencia. La candidatura de este fue entonces víctima de artimañas como que se promovieron movimientos revolucionarios en PANAMA BOLlVAR y MAGDALENA para imponer autoridades amigas de la candidatura de AQUILEO PARRA. En Cundinamarca se encarceló a LINO RUIZ miembro del GRAN JURADO ELECTORAL, para que ocupara su puesto el suplente RADICAL. En el Cauca se demandó la validez de los registros y el jurado no decidió dentro de los términos, por lo cual se perdió la votación de ese Estado. NUÑEZ, entonces fue derrotado, pero dejó abierto el camino para llegar a la primera magistratura en 1880, periodo en el cual se acercó al conservatismo comprendiendo que era necesario reformar la constitución liberal de Mosquera, por eso cuando en 1884 NUÑEZ llega nuevamente a la Presidencia, el liberalismo RADICAL, entre otras cosas, para impedir dicha reforma inició la guerra civil que finalmente perdió en la batalla de la HUMAREDA con el incendio del buque en donde llevaba la munición la pólvora y todos los efectos que hacían posible que los radicales mantuvieran la guerra por lo que tuvieron que capitular, entonces NUÑEZ, exclamó "La Constitución de 1.863, ha muerto" y de inmediato convocó a un CONSEJO NACIONAL CONSTITUYENTE, integrado por nueve liberales INDEPENDIENTES y nueve CONSERVADORES el cual aprobó la CARTA FUNDAMENTALde 1886, aunque criticada por ser una Constitución que establecia una democracia NO PARTICIPATIVA tuvo una duración de más de un siglo, hasta que fue reemplazada por la de 1991.